SMK Kesehatan Prima Indonesia memulai kegiatan belajar mengajar pertama kali pada tanggal 14 Juli 2014. Dengan kompetensi keahlian yang diselenggarakan adalah Analis Kesehatan (Sekarang bernama Asisten Teknik Laboratorium Medik) dan Farmasi (Farmasi Klinis dan Komunitas). Kemudian pada tahun 2017 mulai dibuka kompetensi keahlian Keperawatan (Asisten Keperawatan dan Caregiver). Pada tahun pertama SMK Kesehatan Prima Indonesia dipimpin oleh bapak Apt. Feby Supradono, S.Si., M.Farm. sebagai Kepala Sekolah pertama hingga bulan Oktober 2016. Kemudian, tongkat estafet tersebut dilanjutkan kepada bapak Dr. H. Supriyatna, M.M. sebagai kepala sekolah sampai dengan bulan Juni 2021. Pada Awal Juli 2021, pimpinan sekolah dipercayakan kepada Ibu Andriana, S.Si., M.Farm. Gr. sebagai Kepala Sekolah.

Pada tahun 2017, SMK Kesehatan Prima Indonesia mengajukan akreditasi sekolah untuk kompetensi yang telah meluluskan satu angkatan, yaitu Analis Kesehatan dan Farmasi. Karena berdasarkan ketentuan bahwa sekolah sudah dapat mengajukan akreditasi apabila sudah meluluskan satu angkatan. Pada Desember 2018, Alhamdulillah SMK Kesehatan Prima Indonesia meraih predikat Akreditas A atau Unggul pada kompetensi tersebut. Selanjutnya pada tahun 2022, SMK Kesehatan Prima Indonesia kembali meraih Akreditasi A (Unggul).

SMK Kesehatan Prima Indonesia berada pada satu naungan dengan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKes) Prima Indonesia dalam Yayasan Ananda Prima Indonesia (Yaprindo). Selain itu, SMK Kesehatan Prima Indonesia juga satu keluarga dengan Rumah Sakit (RS) Ananda Bekasi, RS Ananda Babelan dan RS Ananda Tambun Selatan. Serta dalam proses pembangunan RS Ananda Tambun Utara. Dengan dukungan jaringan tersebut, akan memberikan kemudahan dan dukungan dalam pengembangan pendidikan di SMK Kesehatan Prima Indonesia.